Nejvíce květin napadají různé houby. Tělo většiny hub parazitujících na květinách je tvořeno jemnými rozvětvenými vlákny, patrnými pouze mikroskopem. Nazýváme je podhoubí. Toto podhoubí se rozrůstá v pletivech nebo na povrchu rostlin a odebírá jim látky potřebné pro svůj růst. Když podhoubí dosáhlo určitého stupně vývoje, počnou se tvořit mikroskopicky malé výtrusy, kterými se houba šíří za vegetace z rostliny na rostlinu nebo jimi přezimuje. Tvar výtrusů je u různých druhů hub odlišný a právě tvar, velikost a uspořádání výtrusů je důležitým znakem pro přesné určování druhů hub. Pouhým okem však jednotlivé výtrusy nemůžeme pozorovat, protože měří pouze několik tisícin milimetru. V zahradnické praxi, kde není možné choroby rostlin zkoumat pod mikroskopem, lze se značnou přesností určit houbu podle příznaků, které vyvolává na hostitelské rostlině.
Houbové choroby se na rostlinách projevují různými typy skvrnitostí listů nebo bělavým moučným nebo plísňovitým povlakem, popřípadě vzniká infekce na podzemní části rostlin, což se projeví náhlým zvadnutím a odumřením několika stonků nebo celé rostliny.
Z hlediska praktické ochrany je třeba si uvědomit, že některé druhy hub jsou specializované na určitého hostitele, kdežto zase jiné druhy mohou napadat mnoho rostlinných rodů (např. houby způsobující fuzariové nebo verticiliové vadnutí).